Negeri Sabah ditadbiri oleh Dewan Undangan Negeri dan Jemaah Menteri atau Kabinet Negeri. Dewan Undangan Negeri merupakan kuasa tertinggi dalam menetapkan polisi di dalam negeri.[38] Kabinet Negeri bertanggungjawab kepada Dewan Undangan Negeri yang diwakili oleh pelbagai Ahli Dewan Undangan Negeri (60 kawasan) yang dipilih rakyat melalui Pilihan raya Umum setiap lima tahun.[38] Ia diketuai oleh Yang di-Pertua Negeri yang dilantik oleh Yang di-Pertuan Agong Malaysia.[38] Jabatan Ketua Menteri merupakan tiang pentadbiran negeri[39] yang menempatkan pejabat Ketua Menteri, Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri serta lain-lain pejabat.

Pentadbiran

Sabah terdiri dari lima bahagian yang seterusnya dibahagikan lagi kepada 27 daerah.

Semasa pemerintahan British, Residen telah dilantik untuk mentadbir setiap bahagian dan disediakan dengan sebuah istana (Istana). Pentadbiran setiap bahagian ini lebih kurang sama dengan pentadbiran di British Malaya. Namun kini, jawatan Residen telah dimansuhkan dan digantikan dengan pegawai daerah bagi memerintah setiap daerah.

Seperti di seluruh Malaysia, kerajaan tempatan berada di bawah bidang kuasa kerajaan negeri.[41] Walau bagaimanapun, sejak penggantungan pilihan raya kerajaan tempatan ketika Darurat, dimana ianya sangat kurang sengit di Sabah berbanding lain-lain negeri, tidak ada pilihan raya tempatan kerana pihak berkuasa tempatan mempunyai pegawai mereka yang dilantik oleh majlis eksekutif kerajaan negeri.[42][43]

Politik

Menjelang pembentukan Malaysia pada tahun 1963, kerajaan sementara Borneo Utara telah menyerahkan Perjanjian 20 Perkara kepada kerajaan Malaya sebagai syarat sebelum menyertai Persekutuan. Borneo Utara bersetuju dengan pembentukan Malaysia dengan syarat bahawa hak-hak negeri mereka dilindungi. Pada mulanya, negeri ini memasuki Malaysia sebagai wilayah autonomi. Walau bagaimanapun, bermula dari tempoh kedua pentadbiran BERJAYA di bawah pimpinan Datuk Harris, autonomi ini telah beransur-ansur terhakis di bawah pengaruh persekutuan dan hegemoni.[44] Antara perdebatan politik yang sering dibangkitkan oleh penduduk negeri ini adalah penyerahan pulau Labuan kepada kerajaan Persekutuan dan perkongsian yang tidak sama rata serta eksploitasi sumber petroleum. Ini telah menyebabkan sentimen anti-persekutuan yang kuat sehingga terdapat panggilan untuk berpisah dari Persekutuan di kalangan rakyat Sabah.

Sehingga pilihan raya umum Malaysia, 2008, Sabah, bersama-sama dengan negeri Kelantan dan Terengganu, merupakan tiga negeri di Malaysia yang pernah diperintah oleh parti pembangkang. Diketuai oleh Datuk Seri Joseph Pairin Kitingan, PBS membentuk kerajaan selepas memenangi pilihan raya 1985 dan memerintah Sabah sehingga 1994. Pada pilihan raya 1994, walaupun PBS memenangi pilihan raya, pengambilalihan oleh komponen BN menyebabkan BN yang mempunyai majoriti kerusi dan seterusnya mengambil alih pimpinan kerajaan negeri.[45] Salah satu ciri unik politik Sabah adalah ketika satu dasar dimulakan oleh bekas Perdana Menteri Mahathir Mohamad pada tahun 1994 di mana jawatan ketua menteri diputar di kalangan pihak gabungan setiap 2 tahun tanpa mengira parti pada masa itu, teorinya telah memberikan satu jumlah sama rata bagi setiap kumpulan etnik utama untuk memerintah negeri ini. Walau bagaimanapun, amalan sistem ini bermasalah kerana waktu yang diberikan adalah terlalu singkat untuk mana-mana pemimpin untuk membawa keluar pelan jangka panjang.[46] Namun, amalan ini telah berhenti sejak dengan kuasa yang kini dipegang oleh majoriti dalam Dewan Undangan Negeri (DUN) oleh parti UMNO, yang juga memegang majoriti di parlimen kebangsaan.

Campur tangan langsung politik oleh kerajaan persekutuan, contohnya pengenalan [UMNO] dan pemansuhan pos ketua menteri pada awal Konflik PBS-BERJAYA pada tahun 1985, juga dengan bersama-sama memilih lantik puak saingan di Malaysia Timur yang kadang-kadang dilihat sebagai taktik politik oleh kerajaan persekutuan pimpinan UMNO untuk mengawal dan mengurus kuasa autonomi negeri-negeri Borneo.[47] Kerajaan persekutuan bagaimanapun cenderung untuk melihat bahawa tindakan ini adalah wajar sebagai pandangan sempit terhadap orang di negeri ini yang kononnya tidak harmoni dengan pembangunan negara. Ini merumitkan hubungan kerajaan Persekutuan dan negeri sehingga menjadi sumber perdebatan utama dalam politik Sabah.